文书档案室成立于1962年3月。负责党政管理、财会、人物（名人）三大门类的档案，及照片档案、实物档案、信访、资料和校刊等几大类档案的管理。

党政管理类档案最早的档案形成于1935年。该类档案主要有中央、省、市领导机关发给我校针对性和普发性文件；有毛泽东、江泽民、邓小平等党和国家三代领导人为我校的题词；我校历年党委、校长办公会会议记录，大事记；学校党发、校发文件及各部处规章制度等。

财会档案形成于1949年，根据其特点和我校的具体情况存有历年工资册、各类明细账、记帐凭证、校内银行账等。

人物（名人）档案收集范围是指学校的正副校长及正、副书记，省委、省政府、卫生部、国家教委、国务院及党中央授予的英雄模范人物；博士生导师及学术造诣较深，在国内外有一定声誉或为我国的医药卫生科学技术的发展和创新作出较大贡献的专家、学者。

为了便于查找利用，文书档案室编制检索工具5 种103册，其中：案卷目录12册、卷内目录49册；文件字号索引5种、16册；专题目录16种、20册；现有《中国医科大学文件汇编》1989年——2012年共93册。

文书档案室在加强基础业务工作的同时，也积极开展多途径的服务方式，在为各项工作服务中起到了很大作用。2001年文书档案室起用档案管理软件系统，主要用党政管理类档案的管理。可以通过文件形成年度、形成机构、文件字号、文件主题词等查询档案，现已输入1991年至2012年文件目录34125条。提高了利用效率，方便了广大利用者。